Grégory Humé
Le Crédit d’Impôt Recherche et le Crédit d’Impôt Innovation restent deux des leviers fiscaux les plus puissants pour financer la R&D d’une start-up française. Mais le cadre a évolué : la LFI 2025 a modifié plusieurs paramètres du calcul, et si la LFI 2026 a stabilisé les dispositifs, elle a durci les exigences de justification. Ce que vous saviez il y a deux ans ne suffit plus.
Ce que vous allez apprendre : qui est éligible au CIR et au CII en 2026, quelles dépenses passent (et lesquelles ne passent plus), comment calculer votre crédit d’impôt avec les taux actuels, et les réflexes concrets pour sécuriser votre dossier face à un contrôle fiscal.
Le CIR (Crédit d’Impôt Recherche) et le CII (Crédit d’Impôt Innovation) ont souvent tendance à être confondus. Pourtant, ils répondent à des logiques distinctes et ne s’adressent pas aux mêmes activités ni aux mêmes profils d’entreprises.
Le CIR couvre les travaux de recherche fondamentale, de recherche appliquée et de développement expérimental. Il est accessible à toutes les entreprises soumises à l’IS ou à l’IR en régime réel, quelle que soit leur taille. Il repose sur la notion de levée d’incertitude scientifique ou technique : pour qualifier un projet en R&D au sens du CIR, l’entreprise doit démontrer qu’elle a cherché à résoudre un problème dont la solution n’était pas prévisible à l’avance.
Le CII, lui, est réservé aux PME au sens communautaire (moins de 250 salariés, CA inférieur à 50 M€ ou total de bilan inférieur à 43 M€). Il couvre les opérations de conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux, c’est-à-dire les phases d’innovation proches du marché, là où le CIR ne va pas forcément. Une start-up SaaS qui développe un nouveau module produit s’appuie typiquement sur le CII pour les phases de conception et de prototypage, et sur le CIR pour les briques technologiques comportant une vraie incertitude technique.
Les deux sont cumulables à condition de ne pas imputer la même dépense deux fois.
Les taux et plafonds en vigueur en 2026
C’est ici que beaucoup de fondateurs travaillent encore sur des données obsolètes. Voici le cadre exact, tel qu’il résulte des lois de finances 2025 et 2026 :
| Dispositif | Taux | Plafond dépenses | Avantage max | Validité |
| CIR (France métropolitaine) | 30 % | 100 M€ | Non plafonné (échelle start-up) | Reconduit |
| CIR (au-delà de 100 M€) | 5 % | – | – | – |
| CIR (Outre-Mer) | 50 % | 100 M€ | – | – |
| CII (PME, France métro.) | 20 % (était 30 %) | 400 000 € | 80 000 € (était 120 000 €) | Jusqu’au 31/12/2027 |
| CII (PME, Corse / ZFU-ZRR) | 40 % | 400 000 € | 160 000 € | Jusqu’au 31/12/2027 |
Ce qui a changé depuis 2024
Depuis le 1er janvier 2025 (LFI 2025), le taux du CII est passé de 30 % à 20 %. Pour une start-up qui plafonnait ses dépenses à 400 000 €, l’avantage fiscal est passé de 120 000 € à 80 000 €. Une perte nette de 40 000 € par an. Le dispositif reste intéressant, mais il doit être réarticulé avec d’autres leviers (CIR, JEI, CICo) pour maintenir une enveloppe de financement cohérente.
Par ailleurs, le taux forfaitaire des dépenses de fonctionnement dans le CIR est passé de 43 % à 40 % des dépenses de personnel éligibles depuis le 15 février 2025. À masse salariale R&D constante, votre assiette déclarée est mécaniquement plus faible.
L’assiette du CIR repose sur plusieurs catégories de dépenses, à condition que chacune soit directement rattachable à des opérations de R&D qualifiées :
⚠ Deux postes supprimés depuis 2025
La LFI 2025 a supprimé deux catégories qui étaient auparavant éligibles : les dépenses de veille technologique (jusqu’à 60 000 €/an) et les frais de propriété intellectuelle liés aux brevets et COV. Si votre dossier CIR historique les intégrait, il faut revoir le calcul.
À noter également : le dispositif de doublement des jeunes docteurs, qui permettait de prendre en compte deux fois les dépenses de personnel liées à l’embauche d’un docteur récent, a été supprimé en 2025 et n’a pas été rétabli par la LFI 2026. Un signal négatif pour les start-ups deeptech dont les modèles de recrutement reposaient sur ce levier.
Le CII couvre les dépenses liées à la conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits. Concrètement : personnel affecté à la conception, dotations aux amortissements des équipements utilisés, sous-traitance agréée, et frais de fonctionnement dans les mêmes proportions que le CIR.
La frontière entre CIR et CII est souvent floue pour les équipes produit. Un bon repère : le CII s’arrête là où commence la production. Dès que le prototype est validé et que vous entrez en phase de déploiement ou de scale, les dépenses sortent du périmètre du CII.
La LFI 2026 a prorogé jusqu’au 31 décembre 2028 le Crédit d’Impôt en faveur de la recherche Collaborative (CICo), avec une mesure rétroactive au 1er janvier 2026. Ce crédit concerne les contrats de collaboration conclus avec des organismes de recherche publics ou assimilés.
Pour une start-up qui noue des partenariats de recherche avec un laboratoire universitaire, une école d’ingénieurs ou un organisme comme le CEA ou l’INRIA, le CICo représente un avantage additionnel non négligeable. Il ne se cumule pas directement avec le CIR sur les mêmes dépenses, mais il peut valoriser des dépenses collaboratives qui ne seraient pas déclarées autrement.
Prenons le cas d’une start-up SaaS en phase de Série A, avec une équipe R&D de 5 personnes :
| Poste | Montant annuel | Éligible CIR ? |
| Salaires bruts + charges (3 ingénieurs R&D) | 360 000 € | Oui 100 % |
| Frais de fonctionnement forfaitaires (40 % × 360 k€) | 144 000 € | Oui, automatique |
| Amortissement serveurs dédiés R&D | 30 000 € | Oui |
| Sous-traitance à prestataire agréé | 80 000 € | Oui (limite 2× dépenses internes) |
| Veille technologique / abonnements | 12 000 € | Non, supprimé en 2025 |
| Assiette CIR totale | 614 000 € | |
| CIR obtenu (30 %) | 184 200 € | Remboursable immédiatement (PME) |
Sur ce même exemple, si l’équipe produit (2 personnes) a engagé 120 000 € de dépenses de conception prototype, l’entreprise peut en parallèle déclarer un CII de 24 000 € (20 % × 120 000 €), à condition qu’aucune dépense ne soit déclarée deux fois.
Remboursement immédiat pour les start-ups
Les PME et les JEI déficitaires peuvent obtenir un remboursement immédiat du CIR et du CII, sans attendre d’être à l’IS bénéficiaire. C’est un levier de trésorerie direct, pas une optimisation fiscale théorique. Dans le cas ci-dessus, les 184 200 € de CIR peuvent revenir sur le compte bancaire de l’entreprise en quelques mois après le dépôt de la déclaration — à articuler avec vos autres sources de capitaux dans le cadre de la structuration globale du financement de votre start-up.
La LFI 2026 a maintenu les dispositifs sans réforme majeure, mais les praticiens l’observent unanimement : le niveau d’exigence des contrôles CIR est en hausse significative. Un dossier mal construit, même pour un projet éligible, peut conduire à un redressement intégral. L’administration dispose d’un droit de reprise jusqu’à la fin de la troisième année suivant le dépôt de la déclaration.
Le cœur d’un bon dossier CIR, c’est la démonstration de la démarche expérimentale. L’administration attend que vous décriviez :
Ce n’est pas un exercice littéraire. C’est une reconstruction rigoureuse de votre démarche, produite par vos ingénieurs et validée par votre DSI ou CTO. Un dossier rédigé a posteriori par un cabinet sans lien direct avec les équipes techniques ne tient pas face à un expert désigné par l’administration fiscale.
L’affectation des salariés aux projets éligibles doit être documentée. Pour les start-ups où les ingénieurs jonglent entre R&D, support et développement produit, l’absence de time tracking par projet est une faille systématique. Le simple fait d’avoir des feuilles de présence hebdomadaires par projet, même imparfaites, renforce considérablement la solidité d’un dossier.
Toutes les aides publiques reçues sur des projets de R&D éligibles doivent être déduites de l’assiette du CIR. Depuis la LFI 2025, la définition des subventions publiques a été élargie : elle inclut désormais les aides versées par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public. Concrètement, si vous avez reçu un financement BPI, une aide régionale ou un prix innovation d’un organisme assimilé, il doit figurer en déduction. Une erreur sur ce point peut transformer un avantage fiscal en redressement.
Avant de déclarer un projet pour la première fois, vous pouvez demander à l’administration fiscale un rescrit CIR : une prise de position formelle sur l’éligibilité de votre projet. L’administration dispose de trois mois pour répondre ; passé ce délai, le silence vaut accord. Ce mécanisme est sous-utilisé par les start-ups, souvent par méconnaissance. Pour un projet important ou structurant, c’est une assurance valeur réelle.
CIR, CII et IP Box : articuler les dispositifs
CIR et CII ne sont pas les seuls leviers fiscaux disponibles pour une start-up innovante. L’IP Box, qui permet d’imposer les revenus issus de la propriété intellectuelle (brevets, logiciels) à un taux réduit de 10 % au lieu de 25 %, se combine naturellement avec le CIR pour les start-ups qui monétisent des actifs développés en interne. La condition : que les actifs aient été développés avec des dépenses qui ont précisément nourri votre assiette CIR. La traçabilité requise pour le CIR sert donc aussi à sécuriser votre IP Box.
De même, le statut JEI (Jeune Entreprise Innovante), dont les conditions d’éligibilité exigent que les dépenses de R&D représentent au moins 20 % des charges déductibles de l’exercice, ouvre des exonérations sociales sur les salaires des chercheurs, directement corrélées au périmètre CIR. Les deux dispositifs s’alimentent mutuellement : un bon dossier CIR sécurise votre JEI, et vice versa.
Déclarer un CIR ou un CII sans structurer le dossier en amont, c’est prendre un risque réel : redressement partiel ou total, avec intérêts de retard. À l’inverse, un dossier bien construit est un levier de financement récurrent qui peut représenter plusieurs dizaines de milliers d’euros chaque année.
Chez wilhow, nous accompagnons les start-ups et scale-ups dans la qualification de leurs projets R&D et innovation, la constitution du dossier technique, la coordination avec vos équipes CTO/DSI, et le suivi en cas de demande d’information de l’administration fiscale. Nous intervenons en amont — pas en rattrapage.
Grégory Humé
Grégory Humé
