Mehdi Azaiez
Depuis le 24 mars 2026, l’Union européenne dispose pour la première fois d’une définition harmonisée des entreprises innovantes, des start-ups innovantes et des scale-ups innovantes. La recommandation (UE) 2026/720 de la Commission n’est pas un texte de plus à ranger dans les archives réglementaires : elle conditionne l’accès aux financements transfrontaliers européens, influence les critères d’attribution des aides BEI et FEI, et positionne l’expert-comptable comme interlocuteur central de la qualification. Ce que vous devez comprendre.
Ce que vous allez apprendre : pourquoi l’Europe a créé ces définitions et ce qu’elles changent concrètement, les critères exacts de qualification pour chaque catégorie avec les seuils chiffrés, comment la recommandation interagit avec les dispositifs français existants (JEI, CIR), et pourquoi votre expert-comptable est en première ligne pour documenter votre éligibilité.
Jusqu’au 24 mars 2026, chaque État membre de l’Union utilisait ses propres critères pour identifier les start-ups et scale-ups éligibles aux dispositifs de soutien public. Une entreprise reconnue comme start-up innovante en France via le statut JEI ne l’était pas nécessairement en Allemagne, aux Pays-Bas ou en Espagne. Cette fragmentation créait deux problèmes concrets.
Le premier est d’accès aux financements transfrontaliers. Les instruments de la Banque Européenne d’Investissement (BEI) et du Fonds Européen d’Investissement (FEI), ainsi que les programmes EIC (European Innovation Council), utilisaient des critères hétérogènes selon les enveloppes et les guichets. Une start-up française qui candidatait à l’EIC Accelerator devait démontrer son caractère innovant selon des critères propres au programme, souvent différents de ceux qui lui avaient permis d’obtenir le statut JEI en France.
Le second est de distorsion de concurrence. Sans définition commune, des entreprises très différentes pouvaient se retrouver dans les mêmes appels à projets européens, certains États membres ayant des critères très larges et d’autres très restrictifs. L’harmonisation vise à créer un appel d’air pour l’investissement transfrontalier en établissant des règles du jeu identiques pour toutes les entreprises européennes.
La recommandation (UE) 2026/720 publiée au Journal Officiel de l’UE le 24 mars 2026 (adoptée par la Commission le 18 mars) est le premier texte à établir ces définitions communes. C’est une recommandation, non un règlement : elle n’est pas contraignante en droit. Mais elle est déjà utilisée comme référentiel par la BEI, le FEI et les programmes Horizon Europe, et son adoption dans les réglementations nationales est anticipée à moyen terme.
La recommandation distingue trois catégories imbriquées : l’entreprise innovante (catégorie la plus large), la start-up innovante (sous-ensemble avec critère d’âge et de taille), et la scale-up innovante (entreprise innovante en forte croissance).
Pour être qualifiée d’entreprise innovante au sens de la recommandation, une entreprise doit remplir au moins l’un des deux critères suivants.
La voie comptable. L’entreprise a consacré au moins 10 % de ses coûts d’exploitation à la R&D lors d’au moins un des trois derniers exercices financiers, ou au moins 5 % de ses ventes nettes. Les coûts d’exploitation sont définis précisément : frais de personnel, matériaux, services externalisés, communications, énergie, maintenance, loyers et frais administratifs, à l’exclusion des postes de financement et des impôts. Ce seuil de 10 % rappelle immédiatement celui du CIR, mais attention : la définition des coûts éligibles n’est pas identique. Il ne faut pas confondre l’assiette CIR (dépenses de R&D au sens fiscal) et l’assiette de la recommandation (coûts d’exploitation totaux).
La voie technologique. L’entreprise développe un produit ou procédé qui présente un risque d’échec industriel ou technologique réel et qui apporte une rupture significative par rapport à l’état de l’art dans son secteur. C’est une définition qualitative qui laisse une marge d’appréciation, et c’est précisément sur ce point que la documentation technique issue de vos dossiers CIR et JEI peut jouer un rôle central.
Une start-up innovante doit cumuler trois conditions en plus d’être une entreprise innovante.
L’âge. L’entreprise a été créée depuis moins de 10 ans à la date de la demande de qualification. La recommandation précise que ce délai s’apprécie à partir de la date d’immatriculation ou de la date du premier bilan annuel, selon ce qui est le plus avantageux pour l’entreprise.
La taille. L’entreprise emploie moins de 100 personnes et son chiffre d’affaires annuel ou son total de bilan ne dépasse pas 10 millions d’euros. Pour les entreprises ayant des partenaires ou des entités liées, ces seuils sont calculés de façon consolidée selon les mêmes règles que pour la qualification PME au sens de la recommandation 2003/361/CE : agrégation proportionnelle des données des entreprises partenaires, agrégation totale des entreprises liées.
L’autonomie. L’entreprise est autonome, c’est-à-dire qu’aucune entreprise ou personne physique ne détient plus de 25 % de son capital ou de ses droits de vote, sauf exceptions expressément prévues.
✓ L’exception fondamentale pour les start-ups avec investisseurs
La recommandation prévoit explicitement que l’entrée au capital de certaines catégories d’investisseurs ne remet pas en cause l’autonomie, même si leur participation dépasse 25 % : les fonds de capital-risque, les fonds de capital-investissement, les business angels dans la limite de 5 millions d’euros, et les établissements publics de recherche ou d’enseignement. Cette règle est essentielle pour les start-ups qui ont levé des fonds : une Série A qui fait monter un VC à 35 % du capital ne fait pas perdre le label de start-up innovante au sens européen.
La recommandation introduit également une règle de lissage importante : si une start-up dépasse les seuils de taille suite à sa croissance, elle ne perd pas immédiatement son statut. Le dépassement doit être constaté sur deux exercices consécutifs pour entraîner une requalification. C’est une protection explicite pour les start-ups en forte traction.
Une scale-up innovante doit être une entreprise innovante qui a dépassé les seuils de la start-up (plus de 100 personnes ou plus de 10 M€ de CA ou bilan) tout en restant sous le seuil des grandes entreprises (moins de 750 salariés ou non cotée en bourse), et qui justifie d’une croissance annualisée supérieure à 20 % sur les deux dernières années, mesurée soit en effectifs, soit en revenus.
Ce critère de croissance de 20 % s’aligne sur la définition quantitative de l’OCDE pour les entreprises en forte expansion. C’est le même seuil utilisé dans plusieurs programmes Horizon Europe pour distinguer les scale-ups des PME en croissance ordinaire.
⚠ Le calcul de la croissance annualisée : un exercice comptable précis
Le taux de croissance annualisé (CAGR) sur deux ans se calcule ainsi : racine carrée de (valeur finale / valeur initiale) moins 1. Pour une start-up passée de 5 M€ de revenus en 2023 à 8 M€ en 2025, le CAGR est : √(8/5) – 1 = 26,5 %. Elle qualifie. Pour une scale-up affichant 18 % de croissance annualisée sur la même période, elle ne qualifie pas, même si sa croissance absolue est significative. Le calcul doit être réalisé sur des données comptables certifiées, pas sur des projections.
C’est l’impact le plus immédiat. Les instruments BEI et FEI (notamment InvestEU, le fonds de garantie européen, et les véhicules de co-investissement avec des fonds nationaux comme Bpifrance) adoptent progressivement les critères de la recommandation comme référentiel commun. Pour une start-up française qui candidatait à l’EIC Accelerator avec un dossier JEI, la recommandation crée un pont entre la qualification française et la qualification européenne.
L’EIC Accelerator, qui combine jusqu’à 2,5 millions d’euros de subvention et jusqu’à 15 millions d’euros de prise de participation, utilise désormais la définition de la recommandation pour qualifier les entreprises éligibles en première lecture. Un dossier JEI bien documenté, avec une narration R&D solide et des ratios de dépenses R&D calculés selon les règles de la recommandation, est directement mobilisable pour une candidature EIC.
Le statut JEI français et la qualification d’entreprise innovante au sens de la recommandation européenne partagent une logique commune (l’intensité R&D) mais ne se superposent pas exactement.
Le seuil JEI français exige que les dépenses de R&D représentent au moins 20 % des charges déductibles de l’exercice. Le seuil européen demande 10 % des coûts d’exploitation ou 5 % des ventes nettes. Les deux assiettes de calcul sont différentes. Une entreprise peut être JEI sans être entreprise innovante au sens européen (si ses coûts d’exploitation totaux sont très élevés par rapport à ses dépenses de R&D), et inversement. Le calcul doit être vérifié explicitement pour chaque candidature aux dispositifs européens.
Une start-up qui passe de 95 à 110 salariés sur un exercice ne perd pas son label immédiatement. Le changement de statut n’est effectif que si le dépassement est constaté sur deux exercices consécutifs. Pour une start-up en phase de recrutement intensif entre Série A et Série B, cette règle garantit une continuité d’accès aux financements pendant la période de transition.
De même, les start-ups peuvent accéder aux financements sur la base d’une estimation de bonne foi de leurs données si les comptes définitifs ne sont pas encore disponibles. C’est une disposition favorable pour les jeunes entreprises dont les premiers bilans audités ne reflètent pas encore leur réalité économique actuelle.
La qualification d’entreprise innovante, de start-up ou de scale-up au sens de la recommandation repose sur des seuils comptables et financiers précis : intensité R&D calculée sur les coûts d’exploitation, taux de croissance annualisé sur données certifiées, seuils d’effectifs et de bilan calculés en consolidé avec les entités liées.
Ces calculs ne peuvent pas être faits de façon fiable sans expertise comptable. Les coûts éligibles à l’intensité R&D au sens de la recommandation incluent les frais de personnel des chercheurs et techniciens, l’amortissement des instruments et matériels dédiés aux projets, les coûts de recherche contractuelle ou de brevets acquis à des conditions de pleine concurrence, ainsi que les frais généraux directement imputables aux projets de R&D. Ce périmètre est voisin de celui du CIR mais pas identique.
✓ L’articulation avec le CIR : une documentation à double usage
Pour une start-up qui a constitué un dossier CIR rigoureux (traçabilité des temps R&D, narration de la démarche expérimentale, documentation des dépenses par projet), ce dossier est directement mobilisable pour documenter la voie technologique de la qualification européenne. La preuve d’une « rupture significative par rapport à l’état de l’art » au sens de la recommandation est en substance la même que la démonstration d’une « levée d’incertitude scientifique ou technique » au sens du CIR. Un dossier CIR bien construit n’est pas seulement un outil fiscal : c’est un actif de qualification européenne.
La recommandation (UE) 2026/720 va progressivement irriguer les critères des dispositifs européens accessibles aux start-ups et scale-ups françaises. Nous surveillons notamment l’évolution des critères EIC Accelerator et EIC Transition, l’adoption de la recommandation dans les appels à projets BEI et FEI pour 2027, et l’éventuelle réforme des critères JEI dans la prochaine loi de finances pour aligner les seuils français sur les seuils européens.
Pour les start-ups qui visent un financement européen à horizon 2027, la démarche de qualification selon la recommandation doit être anticipée maintenant : le calcul de l’intensité R&D sur les trois derniers exercices nécessite des données comptables qui doivent déjà exister.
La recommandation (UE) 2026/720 ne crée pas de nouvelles obligations : elle crée de nouvelles opportunités d’accès aux financements transfrontaliers pour les start-ups et scale-ups qui sauront démontrer leur éligibilité. La différence entre une entreprise qui bénéficie de ce texte et une qui passe à côté tient à la qualité de la documentation comptable et financière, et à la capacité de son cabinet à calculer les bons ratios sur les bons périmètres.
Chez wilhow, nous accompagnons les start-ups et scale-ups dans la qualification de leur statut au sens de la recommandation européenne, l’articulation avec leurs dossiers CIR et JEI existants, et la préparation de leur dossier pour les financements EIC et BEI. Ces travaux s’inscrivent directement dans notre accompagnement sur les dispositifs fiscaux d’innovation et le financement des start-ups à chaque stade.
Mehdi Azaiez
